La identificación microbiana tiene el objetivo de reconocer la identidad de un microorganismo, a través de diversas técnicas, las cuales son empleadas en una gran variedad de áreas como es el caso de la industria farmacéutica, el área clínica y en los centros de investigación. 

La identificación microbiana tiene diversos métodos, los cuales están clasificados de la siguiente manera: 

• Métodos basados en criterios morfológicos

Cuando se conoce la morfología del microorganismo, entonces se puede proceder con una clasificación para poder estudiarlo de mejor manera. Sus rasgos estructurales, es decir, los morfológicos, pueden no ser tan acentuados, incluso pueden llegar a parecerse bastante; sin embargo, el más mínimo detalle de diferenciación puede cambiar drásticamente la idea que se tiene de un microorganismo. Aspectos como su ubicación, la presencia de endosporas y más, contribuyen a que puedan ser clasificados y estudiados. 

• Métodos basados en tinción diferencial

La lámina puede ser expuesta a la tinción diferencial con el objetivo de conocer mejor cuál es la morfología de una bacteria. Esta etapa es muy importante debido a que suele ser la inicial, ya que cuando se tiñe a las bacterias, entonces puede reconocerse si son gram negativas o gram positivas. Además, este tipo de método también brinda una idea sobre la calidad del espacio en el que se realizan las pruebas clínicas. 

• Métodos basados en pruebas bioquímicas

Las pruebas bioquímicas tienen el objetivo de conocer si el microorganismo tiene la capacidad de fomentar azúcares, la presencia de enzimas, la producción de compuestos colorados o la degradación de los compuestos y más. Las pruebas bioquímicas tienen la efectividad de separar a dos bacterias de especies diferentes que están fuertemente vinculadas, de este modo se logra identificar a los patógenos que provocan padecimientos o enfermedades. 

• Métodos basados en la tipificación con fagos

Estos métodos emplean un componente fago que se encuentra en la pared celular de las endolisinas, estas son unas enzimas que se utilizan para la detección y reconocimiento de las bacterias gram positivas, a su vez, figuran como alternativa frente a los antibióticos y combaten las infecciones generadas por bacterias multi-resistentes. Por otra parte, el método de fagos posibilita la identificación y sub-clasificación de las bacterias que existen dentro de una misma especie de bacterias. 

• Métodos basados en pruebas serológicas

Este tipo de métodos emplean las preparaciones inmunoglobulinas, las cuales se hallan presentes en el suero o en algún reactivo. Estas son de gran ayuda cuando se trata de la identificación microbiana mediante muestras puras o muestras biológicas. En general, cada método está basado en la reacción del antígeno del agente microbiano y su anticuerpo específico, el cual es denominado como suero. 

Este tipo de método es muy funcional para identificar, por ejemplo, la salmonella. Para llegar a este resultado, se emplea una batería de antisueros contra el antígeno. 

• Métodos basados en detección molecular

Estos métodos se valen de los procedimientos y reactivos, los cuales permiten detectar ciertas secuencias del ADN que corresponden a algún agente microbiano. El método más aceptado en los laboratorios es la detección a partir de la prueba PCR (Polymerase Chain Reaction), la cual posibilita que se identifiquen microorganismos que no son cultivados por los métodos convencionales, ya que no se puede.  A través de la electroforesis o las sondas de ADN, es posible aumentar la cantidad de ADN necesaria para detectar al agente microbiano. 

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